Вполне вероятно что дело в ОС, может антивирус свирепствует, по краней мере мы выгружали несколько тысяч товаров при этом 1С не зависала насмерть (она конечно поддтупливает немного при выборке), но большую по времени часть выгрузка занимает на ТСД, которые распаковывает полученный массив данных. Порядка 5 ...10 мин. при больших объемах, при запредельных выгрузках порядка получаса бывает, но это уже 100 тыс. единиц товара и т.д.