По какому принципу работает терминал с загруженной Базой Данных из 1С? Какие есть тонкости при загрузки/выгрузки ?

При загрузке в терминал, БД индексируется по ключевому полю. Обычно это штрихкод.
Далее работа ведется - только по индексам.
Следовательно, выгружая БД из 1С мы получим выгрузку отсортированную по ШК. Так устроен терминал.
Если нужна какая-то разбивка, делать это нужно средствами 1С - обработкой.
Если же выгрузка в 1С производится не БД терминала, а из файла данных, то тут никакой индексации нет и данные выгружаются в порядке их сбора.